登州兵乱，最终平定，被叛兵俘虏却不殉节的明守备宋光兰、分巡道王梅及相关的山东巡抚余大成等被执至京师镇抚司审问，严刑拷打，孙元化不知所踪，无法辩解，朝议将他定为祸乱之首，准备发海捕文书追缉，并收捕其家人。
正式处置没出，大明朝中还是有明白人，首辅周延儒请了徐光启过府议事。
两个都是大牛人，周延儒，字玉绳，号挹斋，明代宜兴人（今宜兴宜城镇人）。
万历四十一年（1614年）三月，会试高中第一，获会元。一月后参加殿试，又一举夺得一甲第一名，成为状元，时年21岁。连中二元，少年得志，走马京城，威风八面。周延儒中状元入翰林院为修撰。
此后一路升官，崇祯三年（1630年）二月、加太子太保，改文渊阁。同年六月，温体仁也入阁为相。九月，崇祯拜周延儒为首辅。
徐光启，字子先，号玄扈，天主教圣名保禄，汉族，上海县法华汇(今上海市)人，明代著名科学家、政治家。官至崇祯大学士、内阁次辅。
徐光启毕生致力于数学、天文、历法、水利等方面的研究，勤奋著述，尤精晓农学，译有《几何原本》《泰西水法》《农政全书》等著书。同时他还是一位沟通中西文化的先行者。为17世纪中西文化交流作出了重要贡献。
崇祯五年(1632年)，大学士，入参机务，为次辅。
按东南府颜常武的认为，这位徐大人是个那个年代的“科学家”，可惜颜常武没有能力将他收入囊中，就连孙元化，要不是出了惊天大乱，颜常武也弄不来孙元化----毕竟，仕途才是那个年代里大陆的黄金职业。
幸运的周延儒非常的年轻（才刚刚40岁）就高居大明文臣之首，不过，他的额头堆出了川字形，两髺已经显白。
国势艰难，内忧外患！
不要以为明朝的仕大夫都是傻子，周延儒非常清楚关外北虏的厉害，知道对方一旦得势，那大明将会不保！
因此他还算积极支持明朝的主战派抵抗北虏，如孙元化就是他支持的对象之一，算得上是孙元化的举主，朝中多位大臣攻击孙元化，他哪还不知道对方是项庄舞剑，意在沛公！
他对徐光启说道：“徐公，孙元化是你的弟子，那些人借机攻击你所行的西法，所图不善！”
徐光启和孙元化都是小耶的信徒，明朝的仕大夫普遍看他们不顺眼，认定洋人是鬼，而徐孙两人“事鬼”，是异类，皇帝因他们有实干而重用他们，自然招致他们的嫉恨，有机会就要坑他们一把，以致于周延儒和徐光启不得不合议商量对策。
听闻首辅的话，那时徐光启已是垂垂老矣，看透了世情，冷哼道：“国势艰难至此，温长卿还不消停！”
温长卿，乃与徐光启同列的内阁次辅温体仁，他为了登上首辅大位而不遗余力，大搞不团结，现在挑起党争，为的是借孙元化来个一打二，左攻周延儒右攻徐光启。
一切都是如此，有后台支持才有事情发生，温体仁支持了路振飞、余应桂、李梦辰等人对孙元化的弹劾，在朝堂上搅风搅雨，哪怕是首辅也不能压下此事。
徐光启问道：“首辅大人，圣意如何？”
周延儒苦笑道：“圣上不易为也！”
徐光启会意地点头，出了这档子事，皇帝也难，哪怕有周延儒说情，说孙元化立有汗马功劳，人才难得。皇帝也知道确实不错，但他为天下共主，得顾及万一同样的事情发生，个个地方官有样学样，不死守殉节的话，那还得了！----况且孙元化确实作死，给人攻破城池，作了俘虏，身为巡抚，比一个知府都不如-----莱州知府朱万成就识穿叛军不开城门，结局截然不同。
皇帝必须拿出态度来！没有皇帝的赦免，孙元化看上去在劫难逃，徐光启不禁黯然！
这种大是大非，谁都不好说话，周延儒为孙元化的辩白是虚弱无力的。
周延儒悄声地告诉了一件秘密！
“登州总兵张可大与我相熟，秘密书信与我，说登州城破的当晚，孔有德、耿仲明、尚可喜和李九成皆被割了脑袋，之后孙元化不知所踪还有登州的西洋人火炮营也一起失踪，他认定是东南府所为，东南府在那里有一支一千人的火枪兵，是东南府主颜少爷在孙承宗那里得了书信派人投孙元化所为，他们当天上午强行出港离开，临行前有关孔有德那些人的下场言语！”
官方公开的说法是孔有德、耿仲明、尚可喜和李九成慑于官军强大的压力而自相火并致死（官军也想冒领此功劳，但得找到那些人的首级，被东南军割走了，官军无法自圆其说），说孙元化自行逃跑。张可大是个晓事的人，不想也不敢得罪东南府，将东南府摘清了，否则一旦出现东南府裹胁堂堂巡抚之事-----那就无法善了。
这则消息很秘密，徐光启现在才知道，他不由得悚然一惊！
东南府竟然早早谋划如此！
得周延儒说出真相，徐光启即时明白了东南府的目标，目标就是孙元化，目标就是西洋人火炮营，想来为的就是火炮制造！
他肃然道：“这东南府能制巨舰，得孙元化和西洋人为他制造大炮，前阵子有广东布政使徐绍沆说东南府尾大不掉，首辅大人不作制约？”
周延儒面有难色地道：“朝廷哪有银钱打造战舰！且北虏强盛，我们的银子都花在了辽东无底洞里，东南府并不滋扰地方