等处理完曲阜的事情，周显率部离开。谈时迈留在当地，随之一起的还有仁字营的两个千人队以及部分新卒。在任城，仍旧近万闯军。为了防备他们，周显给谈时迈的所下的命令是，准许他在曲阜自行招兵买马。
仁字营的老兵一分为二，谈时迈继续保留仁字营的旗号，而剩下的两个千人队会混合新卒改编成新营。
克辽军五营，智、勇、信、仁、严，都是有名号的，这五营兵力不一，但都是大营。除此之外，骁骑营，周显最初是想将他建成拥有八千精骑的骑兵营。克己营由王俊之前的手下组成，起这个名字，也有警惕他们的意思。而骠骑营，是新近组建，是周显对所有在山东骑兵的总称。
而除了这些有名号的营外，周显还准备扩充三军。以后的营采取小营制，三营一团，三团一军，每一军的规模可达四万零三百二十人。而名号则按照简单的第一军、第一团、第一营来命名。
为此，周显从勇字营和仁字营都调了不少兵卒补充到第一军，但总体上仍旧只能维持半个军的规模，差不多五个营。
其中一个营由白翥统领，驻扎在德州，但不安分的他把兵力扩充到了两个营。之前的那一营是从勇字营分化出来的，对比白翥，他们更听令于周显。而新营是白翥新组建的，完全听令于白翥。但新旧两营战力不能相提并论，再加上武器辎重都掌握在周显手中。李虹这个监军虽然多次拉拢，但白翥坚持不与周显作对。
而其他四个营，周显将在济南的三个营编成了一团，暂时由周显亲自统领。而将在德州的编成了二团一营，在临沂称为二团一营。这第二团，周显属意白翥统领，但前提是，他愿意遵从周显的指挥。
兵马还在继续招募中，特别是李定国在临沂作战，大量百姓逃出沂州。这使招兵比以前变的更加容易，好一点的编入战兵，不好的作为乡勇负责当地的防戍。在很短的时间内，王俊的克己营恢复满编。但少了夏魁元和晁玉光，四个千总有三个为周显所派，这支军队再也不是王俊他本人的私军。
在周显的努力下，山东逐渐形成了以勇字营、仁字营、克己营、骠骑营和第一军在内，负责野战的战兵。还有以府、县为根本，每府有一千戍卒，两千乡勇，以及三百衙役。每一州或者一县，有一百衙役，五百乡勇的基本配置。
这样一来，敌军来攻，就再也不会出现无兵可守的局面。而这些衙役、乡勇并非军队，他们的饷银有当地所发，也减轻了周显的负担。当战时，他们可据城死守，直到援兵到达。因而，周显不用再在每个城池都驻扎兵力，是本来就不多的军队再分散开来，只用让兵力驻扎在主要的城池中即可。
周显一直没有发动对李岩的进攻，监军李虹过来催促了几次。周显只让韩畅接待，从不去见他。此举明显引起了他的不满，崇祯帝的申斥也如期而至，想来弹劾周显的奏折他应该写了不少。
而迎孟子进孔庙，倒孔等举动也在朝内引起了轩然大波。崇祯帝压下了那些奏折，但给骆养性不少钱饷，让之招兵买马。骆养性陈兵对岸，不断挑衅。而白翥在李虹的走动下，也默许他那么做，将放置在吴桥的兵卒撤回了德州。
而周显则以刘泽清进攻平原为由，将德州的一营调到了陵县，只给白翥留下了他新组建的新营。
白翥知晓周显恼怒他的做法，知道自己无法和周显相敌，没做坚持便给那一营放了行。而武志英因为周显重用，不愿白翥和周显翻脸，特意去了德州一趟。回来之后，他说白翥无意与周显为敌，只是朝廷逼迫，他只能那样。
周显也不逼迫太紧，继续为之提供军需粮草，将德州变成了自军和骆养性所率大军的一个中间缓冲区。他并不惧骆养性，只是不想与他背后的朝廷翻脸。而李虹虽为监军，但在山东根本没人理他，别说指挥全军，连他身边的人都是周显给他配属的。
崇祯帝不断下旨给黄蜚，让他尽早控制在辽南的大军。但他忘了，辽南明军所占取的地方多为山地丘陵，根本养活不了那么多人。军需辎重都由周显提供，在这种情况下，他怎么可能脱离周显单独统军。
到这个时候，崇祯帝终于明白，周显已经完全不受他控制了。好的一点是，周显对他所任命的官员全部接纳，山东巡抚、青州知府、济南知府都是他亲自下令任命的。文官体系，依旧掌握在他的手中。
崇祯帝性急而猜忌心重，在周显如此明目张胆的情况下，他暴怒异常。但又怕逼反周显，再来一次刘泽清之乱。表面上，他不断宽慰周显，而实际上，却不断试探周显并限制他的权力。例如，他私下传信给周显，说想要提升周显为兵部尚书。
要当兵部尚书就要返回京师，哪有在地方担任兵部尚书的官吏。毫无疑问，周显以自己资历尚浅，能力不足，直接拒绝了崇祯帝。但他仍旧不死心，为此还从江西调回了杨廷麟，妄图他以师生之情劝说周显。
而且，崇祯帝还令山东巡抚高名衡、登莱巡抚曾化龙掣肘周显，威逼他屈从。并派出锦衣卫不断分化、拉拢他手下的将领，妄图削弱周显对全军的控制力。对于这些，周显要么装作视而不见，要么略施惩戒。但对于军权，他不但没有放松分毫，反而加强了控制。
这种情况一直持续到孙可望扶朱聿键登基称帝，这明显触了崇祯帝