李世绩当时任兵部尚书，手握兵权，太子李承乾一派，魏王李泰一派都拼命的托人争夺，而李世绩始终不偏不倚，没有介入任何一派，与他在武德年间不介入太子李建成与秦王李世民两派之争一样。
太子李承乾迫于魏王李泰之逼迫，就派人以魏王府典签名义上封事，内容全是李泰的罪状，以图告倒李泰，被唐太宗李世民识破，未果。又暗地里养刺客张师政、纥干承基等以及壮士百余人，让他们与左卫副率封师进共谋杀害魏王李泰，又未果。
于是，太子李承乾便铤而走险，与汉王李元昌、侯君集、李安俨、赵节、杜荷等人谋反，将要发动士兵攻入西宫，挟持唐太宗，“凡同谋者皆割臂、以帛拭血，烧灰和酒饮之，誓同生死。”
贞观17年（643年）2月，齐王李佑在齐州造反的消息传到都城长安，太子李承乾竟然对纥干承基等人道：“我的东宫的西面的围墙，距离大内只有20步而已，与卿为了大事，岂是齐王可比的！”立即将阴谋造反的意图告知了他们。不久，齐王李佑被平定了，穷治其事，牵连到纥干承基，下了大狱应当处死。4月，纥干承基为了保全性命，就主动的告发了这件事。
唐太宗李世民听到报告后大为吃惊，立即将太子李承乾关押起来，同时命令司徒长孙无忌、司空房玄龄、特进萧鄅、兵部尚书李世绩、大理卿孙伏伽、中书侍郎岑文本、御史大夫马周、谏议大夫褚遂良等人共同审理此案。经过调查取证，事实俱在，不容抵赖。于是，唐太宗李世民下诏废除太子李承乾为庶人，太子党的骨干成员汉王李元昌、侯君集、李安俨、赵节、杜荷等人全部处死。东宫僚佐左庶子张玄素，右庶子赵弘智、中书舍人萧钧等都以不能谏争，坐免罢官。纥干承基以功升任岷州佑川府折冲都尉。