于是，正在地面被火海和热浪炙烤的人们，就看到一阵粘稠的黑色雨点飘落下来，散发着奇异的气味。还带着古怪的触感——这一阵看起来神秘可怕、几乎是超自然的“黑雨”，使幸存者吓得魂飞魄散，看着这反常的黑雨，他们都疑心这是某种粘在皮肤上会慢慢地杀死他们的毒油。但同样有一些早已饱受烟熏火燎之苦，渴至极点的人们，却不管不顾地张着嘴喝起了这些打在身上都痛的高辐射雨水。
这阵极为致命的、让人感到世界末日降临般的黑色大雨，在持续下了十几分钟后。就变成雾蒙蒙的黄色毛毛雨，顺风向西北扩散。但依然远远没能熄灭城中的火头。而裹挟在雨水之中的大量放射性尘埃，更是给几乎整个关东平原的上千万日本人宣判了死刑……或者说死缓……
位于东京市中心的天皇御所，同样没能逃过这一劫难——昭和天皇裕仁的寝殿在第一时间就被冲击波掀翻，而刚刚就寝不久的天皇夫妇，也被倒霉地压在了废墟下面……亏得传统日式建筑有个好处，就是建筑材料普遍轻薄，即使塌下来了也多半压不死人，所以天皇和皇后总算是逃过了一劫，只是受了点皮外伤。
而在他们被幸存的侍从宫女们一起七手八脚地扒出来之后，众人又在第一时间把天皇夫妇送进了宫中最坚固的御文库（皇家图书馆）地下室。从而避开了接下来的焚城之火和辐射之雨……
事实上，可燃物众多的天皇御所，同样也在恐怖的火焰风暴之中被点燃。尽管幸存的侍从和禁卫军官兵奋勇地一起灭火，用麻布袋扑灭四处乱窜的火苗，砍断起火的雕梁画栋。从烟熏火燎的宫室内拯救贵重文物……但他们还是法阻止大半个皇宫化为灰烬，甚至一个个在烈火中被烧死或窒息而死[
于是，等到惊魂未定的裕仁天皇裹着绷带，在黎明时刻钻出地下室的时候，他还是不得不面对一个极为残酷的现实——东京，这座德川幕府时代的“天下第一城”，已经沦为了一片凄凉的残垣断壁！
——市区内曾经鳞次栉比的的高大建筑，顷刻间土崩瓦解，让整个东京一下子变得低矮空旷了许多。数以十万计的市民在火中化为焦炭。空气中到处弥漫着人肉被烧焦的刺鼻臭味。没有人知道，那一堆堆、一片片的灰烬之中，究竟曾经包含着多少鲜活的生命……而在很多偏远的街区，烈火依然还在熊熊燃烧之中，东京消防队员早已宣告能为力，因为水电供应尽皆断绝，连消防车也不知为何变得难以发动起来。
原先棚屋林立、杂乱章的贫民区，被“清理”成了一片视野非常良好的平地，站在那里几乎可以一眼望出去好几公里，地面上只剩了一些不知道原本是什么的焦黑残骸。透过弥漫的烟雾，可以还看到一些焦头烂额的市民，依然徘徊在散发着焦糊味和尸臭的废墟上，努力地翻找着什么——可能是为了收敛亲人的尸骸，但更大的可能是试图找到一些还能够利用的东西，因为他们已经一所有了。
更多的人则默默地伫立于灰烬和瓦砾之中，宛如行尸走肉一般，只是愣愣地注视着已经消失的家园，不知道该说什么，也不知道该做什么，他们的眼泪早已流干，他们的精神早已麻木……
灾区内幸存的军官、警察和官员，在最初的惊恐之后，开始试图在混乱中建立某种秩序，一方面严厉压市面，直接处决所有趁火打劫的暴徒；一方面把那些衣衫褴褛、目光呆滞的东京市民组织起来，让他们清理瓦砾遍地的残破道路，同时在废墟中寻找着新的尸体、幸存者以及一切可以使用的物品。
——此时此刻，东京人只能完全依靠自己来熬过难关了。
在经历了如此一番浩劫之后，东京的有线电话和电报自然是统统断了，线电也一样全部失灵，铁路公路运输同样一起中断。使得东京仿佛成了与世隔绝的孤岛，也让天皇陛下一时间跟外界失去了联系。但仅仅是天皇在视野中能够看到的惨状，也就是东京的损失，便已经让整个日本帝国一蹶不振。
天皇从未想过自己有一天会见到现在的情景，一座彻底沦为废墟的东京。日本帝国最繁华的城市就这么被毁灭了，在震撼天地的强大力量之下，日本人民过去数百年的辛苦建设，一瞬间就变得毫意义。
除此之外。肯定还有更多比东京更靠近富士山的城镇被毁灭了，而同时被毁灭的还有帝国追求世界霸权的梦想。明治维新以来这个国家取得的一切成就全都化为了乌有。
霎时间，裕仁天皇只感到一阵万念俱灰，仿佛往昔的皇图霸业都成了一场空，而那些豪言壮语则都成了一场笑话。宫墙四周嘈杂的人群、鼎沸的声息和绵延的烟火，还有正在遭逢灭顶之灾的日本列岛，似乎都跟他没有了关系。他只是带着木讷的表情。愣愣地望着这座毁灭的城市，在心中冒出一个不祥的念头：
“……为什么？为什么偏偏是在如今的这个时候？难道是神明看不得日本一统寰宇。称霸亚洲吗？”
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富士山核爆导致的灾难，不仅发生在陆地，同样也出现于海洋。
——威力堪比十二级台风的核爆冲击波，不仅裹